Разработчики из студии Crowbar Collective опубликовали официальный мод для Black Mesa. Он добавляет в игру музей, посвященный Зен — миру пришельцев в серии Half-Life. Скачать музей можно в Мастерской Steam.
Модификация состоит из 56 карт, демонстрирующих творческие поиски команды на протяжении разработки. В центральной хаб-зоне представлены концепт-арты и ассеты, не попавшие в игру, а из неё можно перейти в три крыла, посвященных главам игры. Каждая зона позволяет взглянуть на различные стадии уровней, какими они были на протяжении пяти лет разработки.
Black Mesa — ремейк оригинальной Half-Life на движке Source. Разработчики позиционируют игру как переосмысление, верное оригиналу: при сохранении общей структуры игры и ключевых моментов отдельные элементы и уровни претерпели сильные изменения, благодаря которым тайтл стал больше соответствовать современным стандартам.